A melhor altura para ir correr depende sobretudo de dois factores essenciais:

• Resistência/sensibilidade ao calor e ao frio
• Condições atmosféricas gerais do dia

Pessoalmente eu acho que a melhor hora será aquela em que se registe uma temperatura mais amena, o que geralmente acontece pela manhã (9h ou antes) ou pelo fim da tarde (17h-18h). Claro que há joggers mais sensiveis que outros ao frio e ao calor. Seja como for não é aconselhável correr com frio intenso - piora sobremaneira a absorção de oxigénio nos pulmóes, dificultando a respiração - nem com calor intenso, que provoca desidratação. 

Cada jogger é um caso, mas é essencial compreender e "ouvir" o corpo. Se um jogger se sente mais confortável a correr a determinada hora, aconselho vivamente que essa hora seja mantida ao longo das sessões semanais, de modo a que o corpo se habitue a correr nessas condições. Os músculos têm uma memória muito sensível e facilmente a mudança de horário (e de condições) pode ocasionar lesões complicadas.